Baffert nació un 13 de enero de 1953. Creció en un rancho en Nogales, Arizona, donde su familia criaba ganado y pollos. Cuando tenía 10 años, su padre compró algunos caballos cuarto de milla y practicó carreras con ellos en una pista de tierra. En su adolescencia, trabajó como jinete por 100 dólares al día en carreras informales de caballos cuarto de milla en las afueras de Nogales. A partir de ahí, pasó a competir en pistas reconocidas, anotando su primera victoria a los 17 años en 1970. Baffert se graduó del Programa de la Industria de Hipódromos de la Universidad de Arizona con una licenciatura en Ciencias, se casó y comenzó a entrenar caballos cuarto de milla en una granja de Prescott, Arizona. A la edad de 20 años, había desarrollado una reputación como entrenador y fue contratado por otros entrenadores para administrar sus establos. Su primer ganador fue Flipper Star en Rillito Park el 28 de enero de 1979. En la década de 1980, Baffert se mudó a California y trabajó en el hipódromo de Los Alamitos, donde pasó a entrenar pura sangre a tiempo completo en 1991. Tuvo su primera gran oportunidad en 1992 cuando ganó su primera carrera de la Breeder's Cup con Thirty Slews. Baffert estableció su reputación temprana con caballos menos costosos como Silver Charm y Real Quiet, comprados por $ 16,500 y $ 17,000 respectivamente. Su colega entrenador D. Wayne Lukas atribuyó el éxito de Baffert a su "extraordinario ojo para un buen caballo" y su capacidad de gestión para encontrar las oportunidades adecuadas para sus pupilos. Entre 1997 y 1999, ganó el Premio Eclipse como entrenador destacado durante tres años consecutivos y fue votado como el Premio Big Sport of Turfdom de 1997. Baffert fue incluido en el Salón de la Fama de Lone Star Park en 2007, y en 2009, fue nominado e incluido en el Salón de la Fama del Museo Nacional de Carreras, el mismo año que una potranca que entrenó, Silverbulletday. Point Given fue nominado en 2009, pero elegido e incluido en 2010. Baffert ha entrenado caballos que ganaron diecisiete carreras de la Triple Corona, diecinueve carreras de la Breeders' Cup, cuatro Copas del Mundo de Dubai y tres Copas del Mundo Pegasus. Sus victorias en clásicos de grado incluyen nueve victorias en el Derby de Santa Anita, nueve en el Haskell Invitational Handicap, diez en el Hollywood Gold Cup Stakes y dieciocho en el Del Mar Futurity, una carrera que ganó siete veces seguidas desde 1996 hasta 2002, cuando era un evento de Grado II. También ganó la carrera en 2008, 2009, 2011, 2012, 2014, 2016, 2018, 2021, 2022, 2023 y 2024 cuando se corrió como un evento de Grado I. Ha ganado el Kentucky Oaks tres veces: primero en 1999 con Silverbulletday, quien luego fue seleccionado para el Salón de la Fama, luego con Plum Pretty en 2011 y con Abel Tasman en 2017. En 2010, Misremembered, un caballo que crio, propiedad de su esposa Jill y su amigo George Jacobs, ganó el Santa Anita Handicap, marcando la primera victoria de Baffert de Grado I como criador en lugar de entrenador. Ha sido ganador de 17 carreras de la Triple Corona, más que cualquier otro en la historia.